熊本県標準化データ処理ソフトは、３つの処理領域からなっている。
１．サーベイデータ入力ソフト、 ２．前回サーベイ結果確認ソフト 、３．統計量計算・報告処理ソフト

サーベイの手順は、１）試料とデータ入力用ＦＤの配付、２）試料を測定しサーベイデータ入力画面で結果の入力とＦＤへの書き込みを行う。３）結果確認画面を起動し、ＦＤから前回のサーベイ結果を取り込み、ツインプロット等のグラフで前回のサーベイの結果を確認する。
４）統計処理は管理者対照となっておりパスワードを入力し、統計処理画面を起動し各施設より返却されたＦＤの取り込みと統計処理、前回値用ＦＤデータの作成、報告書等の処理を行う。